户口不在农村但在农村已建房，在办理不动产证时可能面临以下法律风险：
1. 建房行为被认定为违法建筑，面临拆除或罚款风险。如果你的建房行为未取得合法的宅基地使用权和建房审批手续，且不符合当地历史遗留问题处理政策，那么该房屋可能被认定为违法建筑。相关部门是可能会依据《土地管理法》等法律法规，对你作出限期拆除房屋、恢复土地原状或处以罚款的行政处罚的，此时自然无法办理不动产证，前期建房投入也将面临损失。
2. 无法通过继承等合法方式取得的情况下，房屋权益难以得到法律保障。如果你的户口不在农村，也非通过继承、遗赠等合法途径取得农村房屋，而仅仅是自行在农村购买或占用土地建房，那么在法律上你可能无法获得房屋的合法所有权。一旦遇到村集体收回土地、房屋面临征收等情况，你的权益是可能无法得到与合法产权人同等的法律保护的，例如无法获得正常的拆迁补偿安置。
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户口不在农村但在农村已建房，办理不动产证还可能受到一些特殊情况或例外情形的影响：
1. 当地实行严格的宅基地资格权管理政策。如果当地农村宅基地制度改革试点地区或有明确政策规定，只有具有本村集体经济组织成员资格（通常与户口挂钩）的人才能享有宅基地资格权并办理不动产证，那么户口不在农村的你，即使已建房，在该政策下也可能无法办理个人名下的不动产证，除非你能通过特殊政策通道（如原为村集体成员因上学、参军等原因迁出户口后返乡建房且符合当地规定）获得资格权。
2. 房屋所在区域面临规划调整或拆迁。如果你的房屋所在的农村区域已被纳入政府规划调整范围，如即将进行征地拆迁、合村并居或土地用途变更，那么当地不动产登记机构可能会暂停办理该区域的不动产登记业务。这种情况下，即使你的建房条件符合办证要求，也需要等待规划调整完成或拆迁安置补偿等事宜处理完毕后，才能根据新的政策和安排办理不动产证，办理时间会因此延长。
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户口不在农村但在农村已建房，办理不动产证的核心在于建房行为的合法性及是否符合当地政策。以下从不同情况为你详细分析：
户口不在农村但在农村已建房，能否办理不动产证及如何办理，需结合建房的合法性来源及当地具体政策综合判断。

1. 若存在通过继承、遗赠等合法方式取得农村宅基地使用权及地上房屋所有权的情况：此时通常可依据相关证明材料，向当地不动产登记机构申请办理不动产证。因为继承、遗赠等行为不受户口性质限制，是合法取得农村房屋产权的途径之一。
2. 若存在原系农村户口，在户口迁出前已合法获批宅基地并建成房屋的情况：这种情况下，建房行为发生在户口迁出前，且宅基地审批手续合法，一般也可按规定申请办理不动产证。原农村户口身份及合法的宅基地审批是其权利基础。
3. 若存在未经合法审批手续擅自占用农村集体土地建房的情况：则无法直接办理不动产证。此类建房行为本身不合法，需先接受相关部门处理，根据处理结果（如补办手续、拆除等）再确定后续是否有办证可能。
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户口不在农村但在农村已建房，办理不动产证的法律依据主要涉及土地管理相关法律法规。以下结合具体法律条文进行分析：
户口不在农村但在农村已建房，其不动产证的办理需以合法取得宅基地使用权为前提，主要法律依据为《中华人民共和国土地管理法》。该法第六十二条规定：“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。”

从该条款可知，农村宅基地的申请主体通常是“农村村民”。对于户口不在农村的人在农村已建房的情况，若其建房行为未基于继承、遗赠等合法取得宅基地使用权的途径，也非在户口迁出前合法获批，那么其建房行为可能不符合上述法律中关于宅基地申请主体和审批程序的规定，从而影响不动产证的办理。只有在符合该法及地方实施细则规定的合法情形下，其建房行为才具备办理不动产证的基础。

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